Artsportaal heeft alle 392 richtlijnen van de Richtlijnendatabase FMS (Federatie Medisch Specialisten) geïndexeerd in de artsportaal zoekmachine. Dit betreffen alle richtlijnen van tweedelijns beroepsverenigingen. Voor niet-huisartsen is dit een waardevolle toevoeging, aangezien medisch specialisten vooral deze richtlijnen gebruiken in de dagelijkse praktijk. Tegelijkertijd kan het voor huisartsen interessant zijn om (aanvullend) inzicht te hebben in hetgeen een specialistenrichtlijn zegt over een bepaalde aandoening. De richtlijnen van de FMS zijn duidelijk in de zoekresultaten te herkennen door hun eigen logo (zie afbeelding).